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當(dāng)前位置:斑馬魚(北京)科技有限公司>>單細(xì)胞測序>> 新一代高通量單細(xì)胞測序系統(tǒng)
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更新時間:2024-12-03 22:52:25瀏覽次數(shù):652次
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一,、新一代高通量單細(xì)胞測序系統(tǒng)的原理:
10x Genomics自2016年進(jìn)軍單細(xì)胞領(lǐng)域以來,,最開始以經(jīng)典款儀器——Chromium Controller不斷開發(fā)新應(yīng)用,解鎖單細(xì)胞多組學(xué),。隨后,,為了解放科研人員的雙手,減少人為誤差,,又推出了單細(xì)胞捕獲自動化工作站—— Chromium Connect,。然而,就在最近,,為了滿足科研工作者對更高通量單細(xì)胞捕獲的需求,,10x 推出了Chromium X,即百萬單細(xì)胞捕獲的神器,,帶您探索更多可能,!
當(dāng)10x Genomics的Chromium Controller問世以來,,科學(xué)家就驚嘆于它的高通量,一次上機(jī),,八個通道,,高通量可做到捕獲8萬個單細(xì)胞。如此高的通量和單細(xì)胞分辨率大大提速了科研工作者的研究,,新的發(fā)現(xiàn),,新的成果層出不窮,高分文章發(fā)發(fā)發(fā)不停,!
但是,,通過對近幾年單細(xì)胞文章捕獲的細(xì)胞數(shù)量的統(tǒng)計,我們也會發(fā)現(xiàn),,現(xiàn)在文章中所涉及到的細(xì)胞數(shù)目也越來越多了,,更多的單細(xì)胞數(shù)據(jù),有助于我們拿到更好的實驗結(jié)果,。
三,、并且,在我們面對一些特定的科學(xué)問題的時候,,我們確實是需要百萬級別的單細(xì)胞才能解開一個真相,,比如說:
(1)人類器官圖譜構(gòu)建。對于一個器官而言,,其細(xì)胞的多樣性絕不是幾萬甚至幾十萬個細(xì)胞就能*描繪的,,我們需要做到百萬級別的細(xì)胞數(shù)量,才能全面的描繪一個器官所有的細(xì)胞類型,,這個時候,,Chromium X無疑是我們更好的選擇,!
(2)CRISPR篩選。在CRISPR單細(xì)胞篩選的過程中,,一般需要將一種gRNA導(dǎo)入到80-100個細(xì)胞中,,然后看其對基因的擾動。如果我們有一個1萬條gRNA的庫,,那么我們就需要捕獲百萬級別的單細(xì)胞來進(jìn)行CRISPR篩選,,這個時候,Chromium X將是我們研究的利器,!
(3)T/B細(xì)胞克隆亞型分析,。對于免疫研究的老師,大家都知道TCR/BCR的克隆亞型極其豐富,,如果我們只測幾萬個細(xì)胞,,是很難覆蓋所有的克隆亞型的,這個時候,,Chromium X將給您帶來更大的幫助,!
更重要的一點是,如果您使用Chromium X進(jìn)行高通量單細(xì)胞捕獲,,還可以大大降低單個細(xì)胞的捕獲成本,。
Chromium X的單細(xì)胞捕獲原理還是基于Next GEM的微流控捕獲原理,,細(xì)胞和反應(yīng)試劑及Geal Beads被包裹在一個油滴里,。每個油滴形成一個微反應(yīng)體系,同細(xì)胞里的RNA被標(biāo)記上相同的10x Barcoded,。測序后,,對單細(xì)胞數(shù)據(jù)進(jìn)行拆分。不過,,Chromium X有16個通道,,每個通道最多可以捕獲2萬個單細(xì)胞。此外,,現(xiàn)在10x Genomics的儀器還支持混樣(CellPlex),,一個通道最多可以混12個樣本,混樣后,,一個通道最多可以拿到4.6萬個單個細(xì)胞,,一次上機(jī),最多可以拿到73萬個單個細(xì)胞(該數(shù)字是去除雙細(xì)胞拿到的最終單個細(xì)胞數(shù)量),。雙細(xì)胞捕獲率為0.4%/1000個細(xì)胞,。上機(jī)一次運行的時間不超過18min,。此外,X還加入了溫控裝置,,確保拿到的數(shù)據(jù)質(zhì)量更高,。
五、Chromium X,,可以做哪些應(yīng)用,?
高通量版本的Chromium X,不僅可以實現(xiàn)之前的Chromium Controller的單細(xì)胞3端轉(zhuǎn)錄組解決方案,,同時還可以進(jìn)行細(xì)胞表面蛋白的檢測,,CRISPR單細(xì)胞大規(guī)模篩選,靶向捕獲,,及混樣(CellPlex),;還可以實現(xiàn)基于5端RNA捕獲的單細(xì)胞免疫組解決方案,檢測單細(xì)胞全長配對的VDJ序列,,細(xì)胞表面蛋白檢測,,抗原特異性檢測,靶向捕獲,,CRISPR篩選(2022年推出),,混樣(2022年推出)。此外Chromium X還可以兼容Chromium Controller 的試劑和芯片,。也就是說,,您可以直接將八個通道的Chromium Controller芯片用于Chromium X上,并且這個時候,,我們就可以在Chromium X上實現(xiàn)Chromium Controlle的所有應(yīng)用,,如單細(xì)胞ATAC,單細(xì)胞ATAC+mRNA等,。
重量 :18.8 kg
體積:寬 x 深 x 高=28.6 厘米x 48.3 厘米x 27.3 厘
電氣要求:100–240 VAC, 50/60 Hz, 250 W,90–264 V 工作范圍(額定值的 +/- 10%),,過壓類別 II(標(biāo)準(zhǔn)插座)
工作溫度:18–28°C
濕度:30–80% R.H. 非冷凝
海拔高度:0-2286 米
電源線長度:2 m-包括特定國家/地區(qū)的適配器
七,、Chromium X 數(shù)據(jù)展示:
10x內(nèi)部數(shù)據(jù)測試,在Chromium X上用Chromium Controller的芯片和試劑(可以叫做標(biāo)準(zhǔn)試劑芯片)進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,,免疫組,,ATAC及ATAC+mRNA的實驗,然后與Chromium Controller儀器上獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行對比,,發(fā)現(xiàn)二者的相關(guān)性系數(shù)很高,,說明Chromium X*兼容Chromium Controller的芯片和試劑,所以大家不必有顧慮,!
八,、此外,,10x還在Chromium X上做了使用高通量試劑芯片和標(biāo)準(zhǔn)試劑芯片的數(shù)據(jù)比較。實驗中使用新鮮骨髓穿刺樣本,,獲取單細(xì)胞懸液,,用130個抗體進(jìn)行孵育,然后過流式篩選孵育上抗體的細(xì)胞,,然后分別進(jìn)行Chromium X高通量單細(xì)胞捕獲和Chromium X標(biāo)準(zhǔn)通量捕獲,,最終標(biāo)準(zhǔn)通量捕獲到8269個細(xì)胞,高通量捕獲到17581個細(xì)胞,,然后進(jìn)行單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組,,VDJ,細(xì)胞表面蛋白的檢測,。
九,、根據(jù)檢測結(jié)果,我們發(fā)現(xiàn),,高通量捕獲的細(xì)胞數(shù)量多,,更能檢測出一些稀有的細(xì)胞類型,以及低豐度的TCR克隆亞型,。
十,、斑馬魚(北京)科技有限公司是10x Genomics公司的經(jīng)銷商,為您提供參數(shù),,報價,,實驗指導(dǎo),安裝培訓(xùn),,售后等服務(wù),。
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